Per acque di transizione si intendono acque salmastre tipiche delle aree costiere (lagune costiere, stagni salmastri, zone di estuario), in cui le acque dolci terrestri e salate marine si mescolano. In Emilia-Romagna sono presenti nelle province di Ferrara e Ravenna.
Il monitoraggio di tali acque consiste nella determinazione di parametri di natura chimico-fisica e microbiologica ai fini della determinazione dello stato di qualità
La frequenza di campionamento è di norma mensile. Nelle zone soggette a situazioni distrofiche (crisi atossiche, fioriture algali abnormi, elevate biomasse di macroalghe) la frequenza è quindicinale nel periodo giugno settembre.
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